Ответ: молча
В любом случае рекомендации такие:
1. Выдели на диске ещё немного места для активного раздела - поверь
так будет надёжнее для твоей ХРени.
2. На 2-ом активном разделе поставь нужную будующей системе файловую систему (FAT32, NTFS, ext3)
3. Ставь на здоровье.
Если будешь ставить что-то из семейства NT, то без разницы в каком порядке;
Если 98, то её (как отметили выше) надо ставить раньше;
Если Linux, то после, но там свои тонкости. (насколько я помню);
Если другая альтернативная система, то сначала прочти readme к ней