Вообще такой проблемы быть не должно...
Сам пользуюсь этими прогами пользуюсь! Если правильно сделать, то вообще можно одной из другой пользоваться...
Единственный вариант(который мне на ум приходит
), это, что у тебя в Word не все языковые кодировки установлены... Хотя для этого надо при установке намутить...
А какой у тебя Word стоит и FineReader? И откуда качал? И какие языки используешь?