Сам я с NoteBurner-ом не работал, но
предполагаю, что либо что-нибудь в меню есть, либо правой кнопкой сохранить файл можно. Вряд ли следует с WMP кидать на виртуальный CD. Думаю, правильнее будет защищённый файл прочитать (с CD, DVD или жёсткого диска) NoteBurner-ом и посмотреть, что он скажет дальше с ним делать (сохранить в MP3, например).