Amigos11,
Какими клиентами ты уже пользавался? Они почти все должны заливать в несколько потоков.
Вот программа которая может то что тебе нужно, и в несколько потоков и несколько файлов.
CuteFTP 8.1.0ИМХО самый лучший FTP клиент.
НО - чтобы получить нужный результат, надо настраивать под свои нужды.
Удачи.