С джамперами могли перемудрить и шлейфами.Также в биосе выставлять по идее можно приоритеты очереди загрузки,сначала с сидюка,вторым с харда как бы.Если все равно с диска идет,зачит не видит хард и нужно искать причину.Кстати на каком положении джампер стоит на харде?