На компе стоит 2 жестких диска: 120 и 500 ГБ.
На первом (С: ) стоит Win XP SP3. Второй разбит на 3 раздела: 100 (D:) и 2 (E: и F:) по 200 ГБ.

Часто выскакивает ошибка:
Ошибка отложенной записи.
Не удалось сохранить все данные файла F:\$Mft. Часть данных потеряна.

Оба жестких диска рабочие. Подскажите пожалуйста, в чем может быть проблема и как ее решить?

MFT это таблица размешения файлов. Выводы простые. Перераспредели место или запусти skandsk /f.

scandsk запускал не помогло.

Может винда не дружит с разделами больше 200 ГБ?

Такого за ХP вроде не водится. )

Место где записан MFT имеет плохой кластер.

Ставь любой менеджер партишинов и перераспредели место. например 40\60%%

Интересно, что эта ошибка выскакивает даже если я не копирую файлы. Комп стоит работает и нистого ни с сего начинает выдавать эту ошибку через каждые несколько минут.

Да еше появляется та же надпись только вместо F:\$Mft написано $BitMap

Отключи файл подкачки на этом диске.

На этом жестком диске файл подкачки у меня вообще отключен.

Тогда остаётся только место перераспределить.

А между прочим чем винт разбивал?

На разделе F: свободного места и так 80 ГБ из 200.

Диск разбивал с помощью Акрониса

Дело не в количестве свободного места, а в "бедняке" который в области записи MFT.