Форматирование обычное перезаписывает только файловую систему. От ошибок в физической разметке оно не спасает. Низкоуровневое форматирование перезаписывает физическую разметку. В случае жесткого диска это так называемые сервометки, используемые для позиционирования механики, в случае флеш памяти лично мне процесс малопонятен, но тем не менее такая процедура для нее тоже выполняется.
Низкоуровневое форматирование выполняется только специальными программами. В системе средств для него нет.
Виртуальную машину можно использовать если при подключении флешки не упадет реальная
Например VmWare позволяет через специальный драйвер подключать устройства напрямую к виртуальной машине, при этом реальная видит устройство как некий неродной девайс и соответственно обращаться к нему не будет, что дает ей шанс на продолжение работы.