1. Переформатировать винт под чистую. Если бэды логические, т.е. вызваны просто глюками софта - они исчезнут. Исчезновение проверить chkdsk'ом.
2. Очень внимательно читаем документацию на MHDD (
http://mhddsoftware.com) и делаем проверку с ремапом бэд-секторов. Т.е. физические бэды (повреждения поверхности диска) вылечить невозможно, зато можно скрыть их и взамен поставить из специальной резервной области нормальные сектор.