Второй хард

Если отключать на выключенной системе, то отсоединять нужно два провода при питании от молекса - красный - 5В, желтый 12В. Или три провода при питании от специального SATA разъема - красный 5В, желтый - 12В, оранжевый - 3,3В. черные можно оставить. Однако большой вопрос как отреагирует сата контроллер на девайс с отключенным питанием. Иде контроллеры при таком висли, на сата проверять не довелось.

в принципе любой девайс прекрасно работает через переходник с молекса на сата. можно использовать такой переходник и поставить перед ним обычный выключатель на две линии. Если без переходника, то на три тоже есть переключатели, но они значительно крупнее.

Если sata новый должен нормально реагировать. SATA 2.0 официально поддерживает "горячее подключение", 1.0 редко.
На счет выключателя: все контакты отключать не стоит, землю лучше оставить - хард дольше проживет.