Выбор жеского зависит от того для чего его юзаешь, если фильмецы поглазеть то тут надо места по больше - соотвецтвенно самсунг лутше, если в игрушки пошпилить то тут сегате рулит(решай сам).
1. Укажи модель матери, но если на ней есть выход сата (пусть даже SATA I) всеравно знач можно подкл сата 2 винт. Похожая тема была сдесь расписана:
2. На второй вопрос ответ прост, ставишь перемычку на мастер на том винте который будет главным и с операционкой а на втором ставишь славе (Sl)(зачастую можно со 2-го винта вобще все перемычки снять тогда он на автоопределении выбивает как 2-й, лично у меня сняты на 2-м), за более детальной информацией читать сдесь:
3. Опишу свою ситуацию, у меня 2-ва винта один Samsung 80Gb IDE второй samsung 320Gb 16Mb cashe SATA II? операцинка и игры стоят на IDE разбит на 2-ва логических диска 20/60(XP скорость большая не надо ей IDE с головой хватает стоит на С диске, а игрульки просто закинул на D), а сата как хранилище, удобнее снимать и откл можно из под винды. Поэтому я сторонник винду на IDE фильмы на SATA
P.S. Совет:
1. поищи более новые биосы (если их нет то что тут поделаешь) это поможет в уменьшении конфликтов системы
2. Segate имеет место чаще быть конфликту системы, но Samsung медленее
3. проверь на всяк пожарный блок питания хватит ли его
4. просто успеха в предприятии