Чтобы не удалять инфу:
1. Загружаешься с Live CD
2. Удаляешь папки "Windows" и "Program files"
3. Удаляешь все системные фаилы из корня диска
4. Переименовываешь папку "Documents and Settings" (там храняться "Мои документы", "рабочий стол", настройки программ и сохранения некоторых игр) во что-то на подобие "111"
5. Запускаешь
chkdsk с: /f /r /x (проверка и исправление ошибок ФС на диске и пометка битых секторов) - идешь курить/пить чай/спать - ждать прийдется долго.
6. Перегружаешься с установочного компакта винды и ставишь нормальную систему.
7. Не обнаружив проблем с кодировками вытаскиваешь все полезное из папки 111 (п.4) себе в мои документы и на рабочий стол соответственно.
А вообще конечно да. Инфу желательно хранить на отдельном разделе. Разбивать можно программами с того-же Live CD.
Здесь можно взять вышеупомянутый Live CDВ его составе есть Power Quest Partition Magic v.8.05 - разбивать диск и Total Commander v.7.03 чтобы удобно копаться в его содержимом.