Как сделать зашифрованную UBS-флешку, но чтобы при этом я мог через Exiland Backup Standard делать Backup.

Просто как сделать зашифрованную флешку, я всё нашёл, но вот как после этого мне на другом ПК делать backup этих данных, непонятно.

По-моему Вы пытаетесь совместить несовместимое. Хотите зашифровать устройство (девайс), а бэкапить его как файл. Тут надо либо шифровать флэшку как устройство и тогда можно будет делать Backup только после его монтирования, либо создавать на флэшке зашифрованный контейнер, вот его Backup можно делать как копирование обычно файла защищенного современными методами шифрования.
Полагаю, Вам, например, поможет программа TrueCrypt

Хочется так, вставил флешку, автоматически открылась программа или окно с паролем, ввёл пароль, открылась флешка с нормальным видом файлов. После нажал в программе заблокировать, вынул флешку, и всё.

TrueCrypt это программное обеспечение, предназначенное для создания томов (устройств хранения данных) и работы с ними с использованием шифрования на лету (on-the-fly encryption). Шифрование на лету означает, что данные автоматически зашифровываются непосредственно перед записью их на диск и расшифровываются сразу же после их загрузки, т. е. без какого-либо вмешательства пользователя. Никакие данные, хранящиеся в зашифрованном томе, невозможно прочитать (расшифровать) без правильного указания пароля/ключевых файлов или правильных ключей шифрования. Полностью шифруется вся файловая система (имена файлов и папок, содержимое каждого файла, свободное место, метаданные и др.).
Файлы можно копировать со смонтированного тома TrueCrypt и на него точно так же, как и при использовании любого обычного диска (например, с помощью перетаскивания).